In früheren Jahren führte überwiegend das rheumatische Fieber zur Endokarditis mit nachfolgenden Herzklappenerkrankungen. Inzwischen ist dieses rheumatische Fieber allerdings durch den Einsatz von Antibiotika deutlich rückläufig.

Herzklappenfehler können auch angeboren sein. So können beispielsweise bei bestimmten Formen von angeborener Bindegewebsschwäche (z.B. Marfan-Krankheit) die Herzklappen insuffizient (undicht) werden. Andere angeborene Herzfehler führen zu Einengungen der Herzklappen und Einengungen im Bereich der Hauptschlagader.